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Le CBNFC-ORI est en charge de l'inventaire et de la gestion des plans d'actions en faveur des papillons de jours, libellules...
Le Conservatoire travaille sur l’ensemble de la flore qui pousse spontanément dans la région, assurant leur connaissance et la conservation des espèces les plus menacées.
Le Conservatoire s’intéresse à plusieurs groupes d’insectes et d’invertébrés qui se rencontrent en Franche-Comté, assurant leur connaissance et la conservation des espèces les plus menacées.
Le Conservatoire étudie les communautés végétales, leur composition et leur organisation spatiale à différentes échelles. Il intervient pour la conservation des habitats les plus menacés.
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Les départements du Doubs, de la Haute-Saône, du Jura et du Territoire de Belfort adhèrent au Conservatoire et collaborent avec lui dans le cadre de leurs politiques de préservation des espaces naturels sensibles.
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