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Le CBNFC-ORI est en charge de l'inventaire et de la gestion des plans d'actions en faveur des papillons de jours, libellules...
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Le Conservatoire s’intéresse à plusieurs groupes d’insectes et d’invertébrés qui se rencontrent en Franche-Comté, assurant leur connaissance et la conservation des espèces les plus menacées.
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Le Conservatoire étudie les communautés végétales, leur composition et leur organisation spatiale à différentes échelles. Il intervient pour la conservation des habitats les plus menacés.
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